Общо Събрание
Общото събрание е върховен орган на сдружението. То се състои от членовете му като всеки член има право на един глас. Общото събрание взема решения свързани с дейността на Агенцията, които са задължителни за всички други органи.
Управителен Съвет
Управителният съвет е управителен орган на ДУЕА, който осигурява изпълнението на решенията на Общото събрание. УС се избира за срок от три години като броят на членовете се определя с решение на Общото събрание. Управителният съвет представлява сдружението чрез своя Председател и определя обема на представителната власт и на други негови членове.
Управител
Управителят организира и отговаря за изпълнението на решенията на Управителния съвет и осигурява организационно-техническо обслужване на дейността на управителните органи на ДУЕА. Той организира и ръководи работата на изпълнителния персонал на Агенцията.